人体的消肠道栖息着1000种、数以百万计的微生物菌群，它们对于维持人体的正常生理功能具有重要的意义，不管是坏菌还是好菌（益生菌）都会对人体产生各式各样的影响，甚至有科学家把肠道菌群称作“身体的另一个器官”。
近年来的研究发现，肠道菌和身体各个器官的重要机能密切相关，还会诱发各种疾病的产生。早年大家以为肠道菌只是排泄物，忽略它的存在，现在逐渐发现，这个曾经“被遗忘的器官”不仅重要，还是人体最大的“动态内分泌”器官，掌管全身的健康，尤其是“代谢”和“免疫”，甚至与“脑神经”。肠道这些功能的发挥，主要是肠道菌群起主导作用实现的。
人类是生活在微生物的海洋里边。在我们这个星球上，微生物几乎无处不在，无论是沙漠、冰川还是深海热泉，到处都能找到微生物的身影。
人体内也存在着大量的微生物，大约有1.5到两公斤左右的细菌生活在肠道中，数量为100万亿个左右，种类大约为1000种。如此大规模的肠道菌群，被视为人体的另一个器官。
这个图是NATURE杂志的某期封面，将肠道菌群描述为our other genome，我们的另外一个基因组。
肠内细菌总数不变，坏菌会随着年龄一同增长，好菌数量则是相对减少。若肠道菌群失去应有平衡，就会对健康、美容以及心理状态带来影响，肠道菌群也因此有“另一个器官”之称。
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作为人体的一个器官，肠道菌群势必有其重要的生理作用。
这些作用包括：
1、主要是抵抗外来致病菌，维持正常菌群内部的平衡，保护机体免受感染。
2、参与机体代谢，产生维生素等营养物质供人体吸收。
3、免疫作用，促进免疫器官发育。
4、抗衰老。
肠道菌群对机体的作用是如何产生的呢？根据目前的研究，我们可以假设肠道菌群通过许多不同的轴与机体的各个器官相连，参与机体的代谢，这些轴就包括肠脑轴、肠心轴、肠肺轴、肠肝轴、肠肾轴、肠免疫轴等。
这些轴通过神经、内分泌及免疫系统与相应的器官相连，发挥其相应的生理功能。
肠道菌群除与人体有密切的关系外，还与外界的环境有密切的关系。实际上，人体、菌群与环境三者互为影响，互为因果关系，共同构成了人类生存的大的生物圈。三者要保持相对的平衡稳定，才能保证人体的健康。
肠道菌群的平衡与失衡对于人体的健康与疾病有重要的影响。肠道菌群失调后，可与人体多种疾病相关，如肠道疾病、肥胖、代谢性疾病、肝病、免疫系统的疾病、肾病、心血管病和精神神经疾病等。
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肠道菌群失调后，会释放更多的脂多糖，而脂多糖可以激活下游的免疫系统，产生一系列的免疫反应，使机体长期处于慢性微炎症状态。由此产生各种各样的器官病变。
肠道菌群与宿主是相互依存关系，在这个过程中，宿主应该起先导作用。比如说，我们改变了饮食结构，那么肠道菌群的结构也会发生相应的改变，即肠道菌群要适应宿主的改变。但当肠道菌群由于某种原因发生大而持久的改变后，又反过来作用于宿主，引起一系列的病理改变。例如，当我们长时间服用大量广谱抗生素时，就会引起严重的肠道菌群结构的破坏，随之引起一系列的临床疾病。
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